Η ιστορία του σχολείου μας ξεκινάει με την μεταρρύθμιση του 1976, επί υπουργού Παιδείας Γεωργίου Ράλλη. Μέχρι τότε τα γυμνάσια ήταν εξατάξια. Τότε δημιουργούνται τριτάξια Γυμνάσια και τριτάξια Λύκεια. Το σχολείο μας λειτουργεί από το 1978 ως Μικτό Γυμνάσιο Αγίας Τριάδας. Χωρίς ιδιόκτητο διδακτήριο, στεγάστηκε σε ιδιωτικό κτίριο στην οδό Βέργας 4, που είναι κάθετος στην οδό Τζων Κέννεντι, στην Αγία Τριάδα Περιστερίου. Το 1983 μετονομάστηκε 12ο Γυμνάσιο Περιστερίου. Λόγω στενότητας χώρων και πλήθους μαθητών λειτουργούσε σε δύο βάρδιες, πρωί-απόγευμα. Το 1987 το πρόβλημα αντιμετωπίστηκε με τη διοικητική διάσπαση σε δύο σχολεία, 12ο και 21ο Γυμνάσια Περιστερίου, πάλι σε δύο βάρδιες.
Το φθινόπωρο του 1995 παραδόθηκε, αν και με αρκετές ελλείψεις, το νεόδμητο και ιδιόκτητο κτίριο επί της οδού Φιλικών 37, όπου στεγάζεται και σήμερα. Την επόμενη χρονιά συγχωνεύθηκαν τα δύο Γυμνάσια σε ένα με τον τίτλο 12ο Γυμνάσιο Περιστερίου.
Βασικό πρόβλημα κατά την παράδοση του κτιρίου ήταν η μη ολοκλήρωση της απαλλοτρίωσης ενός μέρους του οικοπέδου. Ο εργολάβος δεν ολοκλήρωσε το πλάνο της κατασκευής και τοποθέτησε προσωρινό συρμάτινο πλέγμα στο πίσω μέρος της αυλής, επειδή η επιχείρηση παραγωγής ασβέστη που λειτουργούσε εκεί είχε αρνηθεί να εγκαταλείψει τον χώρο. Με την παρέλευση 5 χρόνων περίπου και με την κινητοποίηση γονέων, μαθητών και εκπαιδευτικών επισπεύτηκαν οι διαδικασίες αποβολής του ασβεστάδικου, περιορίστηκε το πλάτος της οδού Φιλικών και τοποθετήθηκε φωτεινός σηματοδότης. Έτσι μειώθηκε και ο κίνδυνος ατυχημάτων.
Το 2007, κατόπιν ενεργειών της Διεύθυνσης του σχολείου, ο απαλλοτριωμένος χώρος κατοχυρώθηκε στο όνομα του 12ου Γυμνασίου (είχε προταθεί η οικοδόμηση νηπιαγωγείου στην αυλή Γυμνασίου!!!) και με απόφαση του Δημοτικού Συμβουλίου καταργήθηκε το τμήμα της οδού Τερπάνδρου που διασπούσε την ενότητα του οικοπέδου. Ο ΟΣΚ δέχτηκε να τοποθετήσει κιγκλίδωμα και εξωτερική πόρτα προαυλίου επί της οδού Καλλιμάχου, που μέχρι τότε δεν υπήρχε.
Μετά τη δημιουργία σταθμού μετρό στον Άγιο Αντώνιο και την οικιστική ανάπτυξη της περιοχής, έπρεπε να επεκταθεί το κτίριο για να καλύψει τις νέες ανάγκες. Δυστυχώς, παρά τις συνεχείς οχλήσεις προς τους αρμόδιους, το σχολείο μας δεν εντάχθηκε στο 5ετές πρόγραμμα ανοικοδόμησης του ΟΣΚ για τη βελτίωση των κτιριακών του υποδομών. Αντί γι’ αυτό τοποθετήθηκαν στο προαύλιο τρεις λυόμενες αίθουσες ελαφρού τύπου, που δεν καλύπτουν όμως τις ανάγκες. Το 2008, με τη συνεργασία σχολείου και Συλλόγου γονέων, κατασκευάστηκε υπαίθριο γήπεδο μπάσκετ. Από το 2016 έχει δρομολογηθεί ένα πρόγραμμα κατασκευής κλειστού Γυμναστηρίου και υπαίθριων χώρων άθλησης, δεν έχει όμως ακόμη υλοποιηθεί.
Το σχολείο μας μετείχε σε ευρωπαϊκό πρόγραμμα εξοπλισμού Αίθουσας Πληροφορικής (2002) και τοποθέτησης διαδραστικών πινάκων σε 4 αίθουσες (2010). Με ίδιους πόρους εξόπλισε με διαδραστικά συστήματα άλλες 4 αίθουσες (2016).
Σήμερα στο σχολείο, παράλληλα με τα μαθήματα, υλοποιούνται καινοτόμα προγράμματα Περιβαλλοντικής εκπαίδευσης, Υγείας, Σταδιοδρομίας, Πολιτιστικά, Erasmus κα.
Διατελέσαντες διευθυντές 12ου Γυμνασίου:
- Φιλιππάκου Ηλέκτρα, Φιλόλογος (1978-79/1983-84)
- Διονυσοπούλου Μαρκέλλα, Φιλόλογος (1984-85)
- Βλάχος Στυλιανός, Φιλόλογος (1985-86)
- Παπάζη Μαρία, Φιλόλογος (1986-87/1989-90)
- Αναγνωστόπουλος Ιωάννης, Φιλόλογος (1990-91/1991-92)
- Ιωάννου Ιωάννης, Θεολόγος (1992-93/2006-07)
- Οικονομάκης Ιωάννης, Φιλόλογος (2007-08/2010-11)
- Κουτά Νίκη, Φυσικός (2011-12/2012-13)
- Ρούτουλα Ευγενία, Χημικός (2013-14 μέχρι και σήμερα)
Διευθυντές 21ου Γυμνασίου:
- Νίκα Ευτέρπη, Γαλλικών(1988-89)
- Ανδριτσοπούλου Κλεοπάτρα, Γαλλικών(1989-90)
- Νίκας Παναγιώτης, Θεολόγος (1990-91/1992-93)
- Δημαρέσης Γεώργιος, Μαθηματικός (1993-94/1995-96)
Υποδιευθυντές στο ενιαίο 12ο Γυμνάσιο διετέλεσαν οι:
- Μαρκεντούδης Αθανάσιος, Γεωλόγος (1996-97)
- Γκαλάς Στυλιανός, Φιλόλογος (1997-98/2009-10)
- Δριτσώνας Νικόλαος, Μαθηματικός (2010-11/2012-13)
- Γερεντές Νικόλαος, Τεχνολόγος (2013-14 μέχρι και σήμερα)
